След 1997 г. ЦСКА навлиза в дълбока организационна и спортно-техническа криза. Честата смяна на треньорите и голямото текучество в състава (по 30 и повече състезатели в един сезон) се отразява на представянето на армейците в първенството, а в турнира за националната купа тимът е направо трагичен. Клубът не успява да се противопостави на по-добрата организация (във всякакъв смисъл) на основните съперници – на ловешкия Литекс със собственик Гриша Ганчев и на Левски, субсидиран от Майкъл Чорни.

Началото на 21-ви век започва в противоборство със „синия“ тим. Армейците не успяват да се преборят с конкуренцията и в продължение на 3 сезона титлата отива на „Герена“, в два от които вечният съперник прави дубъл с националната купа, а в третия Купата на България е спечелена от Литекс. Клубното ръководство на ЦСКА решава да привлече чуждестранни треньори (по подобие на Левски и Литекс), но и двамата италиански специалисти – Енрико Катуци и Луиджи Симони, се провалят.

След обстоен анализ новият собственик на ЦСКА Васил Божков решава за наставник на „червения“ тим за сезон 2002/03 г. да бъде назначен бившият играч и помощник-треньор на отбора и на националния тим Стойчо Младенов. Екзекутора на Ливърпул получава пълен картбланш и финансови възможности за солидна селекция. Привлечени са Велизар Димитров от Марек, Емил Гъргоров и южноафриканецът Макдоналд Мукаси от Локомотив (София), както и Йордан Тодоров от Черноморец (Бургас). Използвайки личните си връзки (от кариерата си като играч и треньор), Стойчо привлича няколко португалско-говорящи класни чуждестранни футболисти. Най-известните от тях са Жоао Карлос, Жоао Пауло Брито, Агналдо Перейра и македонецът Артим Шакири.

Стартът на отбора е направо феноменален – есенният полусезон завършва с 13 победи (от 13 възможни), голова разлика 35-5, гарнирани с 9 „сухи“ мрежи. В десетия кръг на „Армията“ игрово и голово е смачкан основния съперник Левски, воден от сръбския специалист Славолюб Муслин с класическото 3:0.

Два кръга по-късно, отново като домакин, ЦСКА надделява (макар и с минималното 1:0) и над другия основен съперник Литекс с треньор Ферарио Спасов-Феро. Исторически е моментът след гостуването на Рилски спортист на 8 март 2003 г., в което ЦСКА губи 2 точки (1:1). Ядосан от равенството, Стойчо Младенов удря няколко пъти по масата пред журналистите. "Не е първата среща, която играхме 11 срещу 14. Искам да знаете - ЦСКА ще бъде шампион! Искате или не искате. Всеки мач ще играем срещу 14, но ние ще сме. Да го знаете от мен това нещо. Всичко хубаво ви желая", разпалено казва Младенов и впоследствие изпълнява заканата си. В 23-тия кръг армейците правят стратегическо реми 1:1 на „Герена“ с вечния съперник и 29-ата титла е в клубната витрина. Първенството отборът приключва само с 2 загуби и 3 ремита и с 6 точки пред Левски.

Особено впечатляваща е натрупаната голова разлика 67-16, което означава средно по 2,5 гола в противниковите мрежи и малко над половин гол на мач в собствената врата.

Основни голмайстори на отбора са неговите лидери Емил Гъргоров (14 гола) и Велизар Димитров (13). Така, след 6-годишна мъчителна пауза, е спечелена титлата от старши-треньора Стойчо Младенов с помощници Радослав Здравков, Стоян Йорданов и Методи Томанов, и основните състезатели – Стоян Колев, Жоао Карлос, Ибрахима Гай, Георги Антонов, Александър Томаш, Йордан Тодоров, Фабио Лима, Маркос Чарас, Емил Гъргоров, Велизар Димитров, Светослав Петров, Жоао Пауло Брито, Макдоналд Мукаси, Тодор Янчев, Артим Шакири, Агналдо Перейра, Христо Янев и Методи Деянов.

Следващия шампионат ЦСКА започва отново начело със Стойчо Младенов, но в 7-ия кръг допуска малко странна загуба (1:3 като гост на борещия се за оставане в групата Ботев (Пд) след две пропуснати дузпи от Емил Гъргоров) и треньорът подава оставка. Изненадващо клубното ръководство привлича за наставник направилия шампион Литекс Ферарио Спасов-Феро. Той обаче е посрещнат враждебно от „червените“ фенове и това се отразява на представянето на отбора. ЦСКА финишира на 10 точки след изненадващия шампион Локомотив (Пловдив) и на 7 точки след Левски. Въпреки това клубното ръководство оставя Спасов начело на тима и през следващия сезон – 2004/05 г. да е начело на армейците. След края на есенния полусезон ЦСКА е първи с равен брой точки с Левски, но Васил Божков освобождава Ферарио Спасов. Собственикът е дотолкова амбициран, че е готов на всяка цена да доведе за треньор големия френски специалист Луис Фернандес. Вместо него обаче е назначен сръбският наставник Миодраг Йешич, водил преди това Славия. Йешич преобразява отбора, записвайки 14 поредни мача без загуба и побеждавайки в прекия двубой за титлата Левски с 1:0 с прословутата дузпа, успешно реализирана от Христо Янев, изиграл най-силния сезон в кариерата си – 22 гола в 29 мача. Титлата печелят Евгени Хмарук, Ивайло Иванов, Радослав Забавник, Адалберт Зафиров, Маркос Чарас, Роберт Цаха, Йордан Върбанов, Валентин Илиев, Тиаго Силва, Ибрахима Гай, Йордан Тодоров, Тодор Янчев, Христо Янев, Амиран Муджири, Беноа Кое, Йоел Линдпере, Йордан Юруков, Емил Гъргоров, Велизар Димитров, Евгени Йорданов, Стойко Сакалиев и Герасим Заков.